Depois de completar 20 anos de operação no Rio de Janeiro, a Supervia apresentou vários projetos de expansão e modernização que não foram colocados em prática. Desde a politica de desativação do sistema ferroviário a partir da década de 1950, o Estado do Rio de Janeiro vem perdendo espaço importante no transporte ferroviário. A suspensão do serviço de trens de passageiros, por exemplo, acompanhou as décadas posteriores, projetos que faziam parte da Rede Ferroviária Federal (RFFSA), CBTU (Companhia Brasileira de Trens Urbanos) e Flumitrens, não foram acompanhados pela Supervia após assumir a administração dos trens urbanos em 1998.   O trem que ligava os municípios de Japeri a Barra do Piraí (Barrinha), teve seu serviço suspenso em 1996 após um grave acidente ocorrido no município de Japeri. Na época a responsabilidade do trecho era da RFFSA que foi privatizada no mesmo ano, após o episódio, a Flumitrens que administrava os trens urbanos do Rio de Janeiro, não se manifestou nenhum